故事发生在近千年后的地球。人工智能与人类的大战后，大地上怪兽“太岁”横行，自然环境与社会形态都发生巨变。人类发明了“BOX”—椟匣相关的一系列新技术，以猛兽匣为搭档，与敌人展开了激烈抵抗。问题匣兽师六马被猛兽匣“狄奥”选中，开始执行各类任务。旅途中他们接到了驰援朱雀城的任务，属于他们的故事才刚开始...